Elektrophorese und Blotting

Die Elektrophorese ist ein Verfahren zur Trennung elektrisch geladener Teilchen und wird daher auch als Trennverfahren bezeichnet. Die Trennung erfolgt durch differentielle Migration unter Einwirkung eines elektrischen Feldes. Die zurückgelegte Strecke und die Geschwindigkeit der Wanderung hängen von den Eigenschaften des Moleküls ab, wie z. B. seiner Größe, Geometrie oder elektrischen Ladung. Für die Migration wird eine Matrix verwendet, die als Träger die Wanderung der Moleküle lenkt und verlangsamt, um ihre Trennung zu verbessern. Meistens handelt es sich bei dieser Matrix um ein Gel, das je nach den zu trennenden Molekülen unterschiedliche Zusammensetzungen haben kann (z. B. Agarose für Nukleinsäuren oder Polyacrylamid für Proteine).  Die Wahl des Trägers hängt von der Art der zu identifizierenden Moleküle ab. So werden beispielsweise sehr kleine Moleküle in einem Gel mit zu großen Poren nicht ausreichend abgebremst und können daher nur schlecht identifiziert werden. Umgekehrt werden große Moleküle in einem zu feinen Netz vollständig blockiert. Im Allgemeinen wird Agarose für große Moleküle verwendet, z. B. zur Trennung von DNA und RNA. Acrylamid und Bisacrylamid bilden viel feinere Maschen und eignen sich daher für die Trennung von Molekülen mit geringerem Molekulargewicht, wie z. B. Proteinen.