Préparation de banques NGS
La préparation des banques ADN est composée de 4 étapes principales dont le déroulement peut varier en fonction des méthodes utilisées :
1. Fragmentation
L'ADN est fragmenté soit de façon enzymatique soit par sonication pour créer de petits fragments aléatoires
2. Réparation des extrémités
La fragmentation de l'ADN n'entraînant pas de fragments homogènes, à extrémités franches, une réparation des extrémités est nécessaire pour s'assurer que chaque molécule est exempte de surplombs et contient des groupes 5 'phosphate et 3' hydroxyle.
3. Liaison des adaptateurs
Les adaptateurs (petites séquences d'ADN synthétique double brin) sont alors liés à ces fragments avec l'aide d'une ADN ligase. Les adaptateurs permettent à la séquence de se lier au support mais également d'identifier l'échantillon analysé grâce aux indexes. Les adaptateurs contiennent des motifs nécessaires pour les étapes suivantes (amplification clonale et séquençage)
4. Amplification de la banque
L'amplification de la banque est nécessaire pour que le signal reçu par le séquenceur soit assez puissant pour être détecté avec précision.
Pour la préparation des banques ARN, il faut ajouter une étape de transcription inverse afin d'obtenir des banques d'ADNc.
