L'héparine immobilisée est utilisée pour purifier des protéines natives ou recombinantes, par exemple. Les enzymes telles que les lipases, les protéines de coagulation plasmatiques, les lipoprotéines, les facteurs de croissance, les protéines de liaison aux acides nucléiques telles que les facteurs de transcription, l'ADN et l'ARN polymérase, les récepteurs hormonaux, les inhibiteurs de serine proteases et les protéines de matrice extracellulaire telles que la fibronectine, la laminine et les collagènes.