Elettroforesi e blotting

L'elettroforesi è una tecnica di separazione di particelle elettricamente cariche e viene pertanto definita una tecnica di separazione. La separazione avviene per migrazione differenziale sotto l'azione di un campo elettrico. La distanza percorsa e la velocità di migrazione dipendono dalle caratteristiche della molecola, come le dimensioni, la geometria o la carica elettrica. Per la migrazione, viene utilizzata una matrice, ovvero un supporto che guida e rallenta la migrazione delle molecole per migliorarne la separazione. Il più delle volte questa matrice è un gel che può avere composizioni diverse a seconda delle molecole da separare (agarosio per gli acidi nucleici o poliacrilammide per le proteine, ad esempio).  La scelta del supporto dipende dalla natura delle molecole da identificare. Ad esempio, le molecole molto piccole in un gel con pori troppo grandi non saranno sufficientemente rallentate e saranno quindi scarsamente identificate. Al contrario, le molecole di grandi dimensioni in una maglia troppo fine saranno completamente bloccate. In generale, l'agarosio viene utilizzato per molecole di grandi dimensioni, ad esempio per separare DNA e RNA. L'acrilammide e la bisacrilammide formano maglie molto più fini e sono quindi adatte per separare molecole di peso molecolare inferiore, come le proteine.