Elektroforese en blotting

Elektroforese is een techniek om elektrisch geladen deeltjes te scheiden en wordt daarom een scheidingstechniek genoemd. De scheiding gebeurt door differentiële migratie onder invloed van een elektrisch veld. De afgelegde afstand en de migratiesnelheid zijn afhankelijk van de eigenschappen van het molecuul, zoals de grootte, de geometrie of de elektrische lading. Voor de migratie wordt een matrix gebruikt die een drager is om de migratie van moleculen te geleiden en te vertragen om hun scheiding te verbeteren. Meestal is deze matrix een gel die verschillende samenstellingen kan hebben afhankelijk van de moleculen die gescheiden moeten worden (agarose voor nucleïnezuren of polyacrylamide voor eiwitten bijvoorbeeld).  De keuze van de drager hangt af van de aard van de te identificeren moleculen. Zo zullen zeer kleine moleculen in een gel met te grote poriën niet voldoende worden afgeremd en dus slecht worden geïdentificeerd. Omgekeerd zullen grote moleculen in een te fijn gaas volledig geblokkeerd worden. Over het algemeen wordt agarose gebruikt voor grote moleculen, bijvoorbeeld om DNA en RNA te scheiden. Acrylamide en bisacrylamide vormen veel fijnere mazen en zijn daarom geschikt voor het scheiden van moleculen met een lager moleculair gewicht, zoals eiwitten.