Nucleïnezuurextractiemethoden zijn essentieel voor moleculaire biologie en worden veel gebruikt in medische en biologische wetenschappelijke toepassingen. Nucleïnezuurextractie kan worden verdeeld in 3 stappen, die geoptimaliseerd kunnen worden op basis van het type monster en de downstream-toepassingen waarvoor de nucleïnezuren zullen worden gebruikt. Deze stappen zijn als volgt:
- Breken van weefsel- en celstructuren
- Verwijderen van eiwitten, lipiden en andere verontreinigingen uit de nucleïnezuren
- Overdracht van nucleïnezuren naar water of een bufferoplossing die deze behoudt zonder de volgende werkzaamheden te verstoren.
Soorten extractiemethoden
Nucleïnezuurextractiemethoden kunnen worden ingedeeld in twee verschillende types:
- Oplossingsmethoden (zoals de fenol-chloroform methode)
- Methoden op basis van de vaste fase (zoals magnetische bolletjes of centrifugatiekolommen)
Vaste-fase-extractiemethoden werken door nucleïnezuren te laten binden aan vaste dragers, zoals magnetische bolletjes die bedekt zijn met silica of andere materialen. De bolletjes (of andere dragers) worden vervolgens gewassen met alcohol om verontreinigingen te verwijderen. De drager wordt dan gewassen met een vloeistof die de nucleïnezuren weer oplosbaar maakt, wat de DNA uit de drager vrijgeeft in een proces dat elutie wordt genoemd. Een eenvoudige methode is om een oplossing die een chaotrope bevat toe te voegen aan het ruwe nucleïnezurextract. Chaotropen zijn moleculen die het waterstofbrugnetwerk tussen watermoleculen verstoren. In de aanwezigheid van chaotropen zijn nucleïnezuren veel minder oplosbaar en binden ze zich aan glazen, silica-bedekte magnetische bolletjes en andere vaste dragers, zodat ze gemakkelijk van verontreinigingen kunnen worden gescheiden. Vaste-fase-extractiemethoden kunnen ook afhankelijk zijn van selectieve binding van DNA en RNA aan ionenwisselingsharsen of andere chemicaliën.
